据教育部网站公布的数据，截止2012年3月29日，全国共有303所独立学院。所谓的独立学院，实际上就是挂着一些高校的牌子，干着收取高学费的买卖，比如原来山东最好的独立学院中国海洋大学青岛学院（由于办学实力相对较强2011年已经独立成民办本科，改名青岛工学院）。一般来讲，公办高校出牌子，企业出资金，搞出一个新学校，收起比公办高校高一些的学费，除了自己养自己之外，还得向出牌子的公办高校和出资金的企业上交一定的费用。
对于一些高校来讲，办独立学院是无本买卖，除了收取一定费用之外，还可以给退休教师再找一个重新上岗的地方，给在职教师找一个兼课的地方，给行政管理干部找一个提拔使用的地方。对于投资企业来讲，办独立学院也是一个稳赚不赔的买卖，虽然回报率可能低一些，但绝对不会亏本，收回投资的时间可能长一些，但是收回了投资成本以后就是干赚的。正因为这样，一些独立学院采取的是职大的办学方式，只有一些有限的管理人员和少量教师，多数课程由外聘教师承担，管理不严，毕业容易，减少了成本，增加了利润，独立学院发展现状及其存在问题。
从举办独立学院的初衷来看，它对缓解高校的招生压力、补充高等教育经费不足以及实现高等教育的大众化发挥了很大作用。但随着独立学院的发展，一些问题也凸显出来。
“独”不副实。根据教育部26号部长令的要求，独立学院要做到7个“独立”：独立的校园和基本办学设施、实施相对独立的教学组织和管理、独立进行招生、独立颁发学历证书、独立进行财务核算、应具有独立法人资格、能独立承担民事责任。但就目前独立学院的现状而言，大多数独立学院没有真正意义上的独立法人与财务，没有真正意义上的独立校园，无独立的教学管理及师资管理队伍。独立学院“优、民、独”的性质无从体现。
产权政策不明晰。教育部26号部长令第二条规定：“本办法所称独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校。”教育部26号部长令对独立学院产权的性质、构成及运作都作了原则性的规定，但从目前依托省属高校举办的独立学院的产权构成来看，没有一所具有符合要求的投资方，许多独立学院都是虚拟的合作者。这样的产权构成是与教育部26号部长令相悖的。
内部管理不规范。教育部26号部长令规定，独立学院设立董事会，作为独立学院的决策机构。董事会由参与举办独立学院的普通高等学校代表、社会组织或者个人代表、独立学院院长、教职工代表等人员组成。但实际上，依托省属高校举办的独立学院因没有真正意义上的投资方，董事会都是虚设的，也就不可能真正履行职责。独立学院的法人大多数由母体学校的校长或副校长兼任，其领导班子成员也都由母体学校党委任命，独立学院的院长没有办学自主权，学院重大工作仍归母体高校直接领导，层层上报，事事审批，严重制约了独立学院的发展。
办学定位与办学模式不统一。独立学院作为一种介于普通高等学校与高等职业学院之间的大众型的教育机构，立足于“应用型”人才的培养，已得到了共识。然而，由于独立学院办学基本完全依赖母体学校，因此在专业设置上很难突破其规定的专业目录;若沿用母体学校现有专业的培养方案、教材及教学大纲，在教学运行及组织管理上有现成的模式，办学成本可大大降低;若按照独立学院“应用型”人才培养定位的要求，重新制定培养方案、编写新教材及新的教学大纲、调整新的实验，那么母体学校就要投入大量的人力、物力和财力，在目前没有强制措施的情况下很难办到。
办学条件不到位。教育部26号部长令明确规定，独立学院应具备不少于500亩土地的校园以及相应的教学设施产权并过户到独立学院名下，这也是教育部在2012年4月以前对独立学院进行合格评估规定的政策底线之一，是刚性条件，达不到此条件就被亮红牌，停止办学。然而绝大多数独立学院达不到此条件，多半属于校中校。到目前为止，土地和资产过户到独立学院名下的微乎其微。
师资队伍没有形成合力。目前独立学院的师资队伍主要来源于母体学校，但母体学校的师资因编制的限制并不富余，众多教师的工作量已处于饱和的状态，再加上这些教师对独立学院学生的特点研究不够，无法落实因材施教，难以实现独立学院人才培养目标;同时，母体学校的教师在人事管理、业绩考核、职称评聘等方面不属于独立学院，再加上母体学校的课程安排优先的原则，给独立学院学生上课只是为了完成“任务”，因此无法促进“教、管、学”的联动，学风建设大打折扣。
实践教学处境尴尬。实现应用型人才培养的目标定位，实践教学环节在整个教学活动中应该占据主要地位。但由于目前大部分独立学院办学经费相对短缺，维持学院正常的开支已经不易，投入到实验室、实训基地的建设资金相对有限或严重不足，因此实践基地的开设前期显得有些盲目，中期管理“萎靡”，后期无疾而终，没有真正发挥作用;另外，总体而言，独立学院具有较强实践教学经验的教师相对不足，在如何提高独立学院学生实践动手能力上，处于一种力不从心的尴尬困境。
