垂直潜流型人工湿地的主要优点在于：
①污染物处理效率高，效果稳定，单位面积处理效率高，硝化能力高于水平潜流型人工湿地；
②去除污染物能力强；
③占用土地资源少；
④独特的布水过程中增加的空气层，加上人工湿地中的生物特别是微生物的代谢活动产生的热量，为垂直潜流人工湿地在冬季的正常运行创造了有利条件。
垂直潜流型人工湿地的主要缺点在于：
①建设与投资费用高于表面流型人工湿地与水平潜流型人工湿地；
②管理相对难于表面流型人工湿地；
③应用区域比较局限，仅适合温暖地区使用，不适合寒冷地区应用；
④有滋生蚊蝇的可能性；
⑤有机物的去除能力不如水平潜流型人工湿地。
