混合流洁净厂房是将非单向流流型和单向流流型在同一洁净室内组合使用，单向流洁净室的设备费和运行费都很高，但在某些实际洁净室工程中往往只是部分区域有严格的洁净度要求，而不是整个洁净室（区）；在需要空气洁净度严格的部位采用单向流流型，其他则为非单向流流型；这样既满足了使用要求，也节省了设备投资和运行费用；混合流洁净室的一般形式为整个洁净室为非单向流洁净室，在需要空气洁净度严格的区域上方采用单向流流型的洁净措施，使该区域得到满足要求的单向流流型洁净区，以防止周围相对较差的空气环境影响局部的高洁净度。
混合流的气流流型，形成了洁净室内不同区域有不一样的空气洁净度等级，利用不同的气流流型的特点满足产品生产过程、操作过程对空气洁净度的要求，单向流工作区的范围、宽度可根据产品生产工艺要求或生产工艺设备确定，通常要求空气洁净度严格的生产过程在单向流区完成，人员活动、物料运输和要求不严格的生产操作等可在非单向流区进行。这样既满足产品生产要求，又能使操作人员的活动舒适，维修区或管道间利用回风保持一定的空气洁净度，既减少了污染又使整个洁净室的送风量减少，减少洁净室建造费用，降低能源消耗和运行费用。如果产品生产过程或生产设备要求较多地单向流区的宽度，采用层流罩已不能满足需要时，可采用多台风机过滤单元（FFU）构成所需宽度的单向流洁净区,此时为解决风机过滤单元的循环风的冷量平衡，应在FFU的送风静压箱内按计算需要增设干式表冷器对送风进行冷却、调节送风温度。
